Исследователи из лаборатории Таубера на факультете генетики Университета Лестера запустили онлайн-базу данных под названием WaspAtlas, чтобы получить представление о генетике и молекулярных данных паразитической осы Nasonia.База данных, созданная докторантом Лестерского университета Натаниэлем Дэвисом, предоставит информацию об аннотации генов, экспрессии генов, а также о метилировании ДНК у осы насония.
Насония — это новый модельный организм в различных областях биологических наук, включая эмбриональное развитие, нейробиологию и эволюцию.Доктор Эран Таубер, преподаватель молекулярной эволюции факультета генетики Университета Лестера, который руководил проектом, объяснил: «Модельные организмы, такие как плодовая мушка и рыбка данио, имеют жизненно важное значение для генетических исследований и имеют эффективную геномную систему. база данных незаменима для их успеха.
«До недавнего времени дрозофила была основной моделью насекомого, предлагая исследователям различные передовые генетические инструменты.«Однако это изменится, поскольку теперь у нас есть передовые инструменты, которые позволяют нам использовать других насекомых для исследований.
Назония предоставляет несколько преимуществ для исследований, которые конкурируют с Drosophila, например, наличие метилирования ДНК, что важно для эпигенетики ».На сегодняшний день существует лишь несколько популярных крупных баз данных по насекомым, таких как FlyBase (для плодовой мухи Drosophila), The Arabidopsis Information Resource (TAIR, для растения Arabidopsis) и WormBase (для Caenorhabditis elegans).Команды надеются, что WaspAtlas предоставит аналогичную услугу исследовательскому сообществу Nasonia, предоставив исследователям инструменты для проектирования и проведения их экспериментов.
Натаниэль Дэвис сказал: «Мы получили отличные отзывы от исследователей Nasonia, и сотни посетителей со всего мира получили доступ к WaspAtlas.«Огромный объем данных, которые курирует база данных, и сложность вычислительных процессов требуют чрезвычайно мощного оборудования. WaspAtlas основан на компьютерных серверах, поддерживаемых ИТ-службами Университета Лестера, и мы благодарны им за постоянную помощь ».Доктор Таубер добавил: «Мы надеемся, что WaspAtlas будет полезен широкому кругу исследователей.
Близкородственные виды ос используются сегодня для биологической борьбы с вредителями, и база данных будет также полезна для исследователей медоносных пчел, поскольку геном тесно связан с эволюцией ».Собственный интерес исследовательской группы к Nasonia — это сильная сезонная реакция, которую демонстрируют осы.
Их исследование исследует молекулярную основу фотопериодических часов — как животные используют годовое изменение продолжительности дня, чтобы предсказать наступающий сезон.Фотопериодический ответ устойчив у ос, у которых сокращение дня зимой вызывает задержку развития.WaspAtlas, наряду с новыми геномными методами, поможет команде понять, как работают фотопериодические часы.
Документ с описанием WaspAtlas доступен в Database: The Journal of Biological Databases and Curation по следующей ссылке: http://dx.doi.org/10.1093/database/bav103Натаниэля Дэвиса поддержало Партнерство по обучению интегративных биологических наук Мидлендса (MIBTP), которое является финансируемым Советом по исследованию биотехнологий и биологических наук (BBSRC) партнерством по обучению докторантов между университетами Лестера, Уорвика и Бирмингема.Доступ к WaspAtlas можно получить по следующей ссылке: www.WaspAtlas.com