Черные трюфели (Tuber melanosporum), также известные как трюфели Перигор, имеют сиропно-сладкий вкус и высоко ценятся в высокой кухне. Это грибы, которые растут на корнях дуба и лесного ореха, и являются вторым по стоимости видом трюфелей. Более 58% генома черного трюфеля 125 Мбит / с состоит из повторяющихся и «прыгающих генов» — участков ДНК, которые могут перемещаться внутри генома.
Метилирование ДНК — это наследственная эпигенетическая модификация генов, при которой метильная группа добавляется к нуклеотидам цитозиновой ДНК. Он участвует в регулировании многих генетических процессов, и ученые анализируют метиломы, чтобы получить картину всего генома.Ученые из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и Пармского университета измерили долю цитозинов, которые были метилированы в геноме черного трюфеля на различных стадиях развития: плодовое тело — половая стадия и настоящий трюфель, свободноживущий мицелий — сам гриб и эктомикориза. — гриб, живущий вместе с корнями деревьев.Обнаружен высокий уровень метилирования — 44%.
Сайты транспозонных элементов с гораздо большей вероятностью метилируются, чем гены, которые имеют тенденцию к деметилированию. Они обнаружили, что метилирование может быть частично обращено лечением 5-азацитидином, аналогом цитидина, что приводит к реактивации некоторых транспозонов.Доктор Симоне Оттонелло из Университета Пармы, Италия, говорит: «Если распространить на черные трюфели из разных географических регионов, эпигеномный анализ, такой как описанный в этой работе, может пролить свет на взаимосвязь между метилированием ДНК и геномом, опосредованным транспозонами. форма, внутривидовая изменчивость и коммерчески значимые органолептические признаки, такие как аромат и цвет "Доктор Маттео Пеллегрини из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе говорит: «Это обратимое метилирование может увеличить пластичность генома трюфеля, позволяя ему адаптироваться к окружающей среде.
Поскольку трюфель живет под землей и не имеет активной системы рассеивания спор, ему может потребоваться эта пластичность. адаптироваться к внезапным изменениям окружающей среды ».Д-р Пао-Ян Чен из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе говорит: «Вместо метилированного тела гена или промоторов, которые мы обычно видим у растений и животных, у черного трюфеля очень мало метилирования тела гена, и похоже, что метилирование происходит в транспозоне. Все это означает, что трюфель имеет очень уникальный образец метилирования ДНК, который может играть роль в регуляции генов ».