Новые методы поиска недиагностированных генетических заболеваний в электронных медицинских картах

И теперь исследователи из Медицинского центра Университета Вандербильта нашли способ поиска генетических данных в электронных медицинских картах для выявления этих заболеваний в больших группах населения, чтобы лечение можно было адаптировать к фактической причине болезни.Выводы, опубликованные сегодня в журнале Science, имеют широкое и многочисленное значение — 14 процентов пациентов с генетическими вариантами, влияющими на почки, перенесли трансплантацию почек, а 10 процентам с другим вариантом потребовалась пересадка печени.

Если бы их генетическая причина была диагностирована, этих трансплантатов можно было бы избежать.«Мы начали с простой идеи: искать группу симптомов и заболеваний, чтобы найти недиагностированное основное заболевание», — сказал Джош Денни, доктор медицинских наук, профессор биомедицинской информатики и медицины и директор Центра точной медицины.«Затем мы были очень взволнованы, когда увидели, как мы можем систематизировать это по тысячам генетических заболеваний, чтобы выяснить влияние миллионов генетических вариантов», — сказал он.

Новый метод, разработанный Денни, Лизой Бастараче, MS, и командой сотрудников, создает оценку фенотипического риска, чтобы найти образцы симптомов, которые могут быть вызваны основным генетическим вариантом, включая некоторые генетические варианты, эффекты которых ранее были неизвестны.Авторы предположили, что многие пациенты, у которых в настоящее время диагностированы такие проблемы, как сердечная недостаточность, инсульт, бесплодие или почечная недостаточность, могут на самом деле страдать от редкого генетического заболевания.

Если это основное заболевание можно выявить, для него может потребоваться специальное лечение, предотвращающее повторение или ухудшение симптомов.Объединив традиционные ресурсы с новейшими методами интеллектуального анализа данных, авторы присвоили 21 701 человеку оценку в зависимости от того, насколько хорошо их список симптомов соответствует клиническому описанию каждого из 1204 различных генетических заболеваний. Итоговая оценка фенотипического риска высока для близких людей и низка для людей, у которых отсутствуют ключевые признаки болезни.

«Оценка фенотипического риска показывает нам, что если вы начнете с конкретных комбинаций симптомов, шансы обнаружить потенциально причинный генетический вариант довольно высоки. Это действительно важный шаг к использованию клинического генотипирования для оценки риска пациента и более точной информации. профилактика и лечение распространенных заболеваний ", — сказал соавтор Дэн Роден, доктор медицины, старший вице-президент по персонализированной медицине.

Исследователи обнаружили 18 ассоциаций между генетическими вариантами и высокими показателями фенотипического риска. Некоторые из них хорошо известны генетикам, например, два варианта, вызывающие муковисцидоз, но большинство ассоциаций было связано с вариантами, которые ранее не были описаны.Лица для этого исследования были взяты из BioVU, одного из крупнейших хранилищ в своем роде, связывающего образцы ДНК с обезличенными электронными медицинскими картами.

Затем команда воспроизвела свои результаты во втором биобанке клиники Маршфилд и подтвердила их с помощью тестов в лабораториях VUMC и Университета Оклахомы.Исследование также дает важное представление о природе наследования болезни. До сих пор врачи предполагали, что генетические заболевания, называемые «рецессивными», требуют двух мутаций (по одной от каждого родителя), чтобы стать симптоматическими. Однако исследователи обнаружили, что только одного варианта было достаточно, чтобы некоторые заболевания повлияли на здоровье пациента.

«С учетом наших результатов знакомые медицинские категории, такие как« сложный »против« генетического »или« доминантный »против« рецессивного », начинают больше походить на континуумы», — сказал Бастараче, ведущий аналитик Центра точной медицины VUMC.Поскольку генетическое тестирование становится все более распространенным, растет потребность в понимании влияния генетических вариантов. Хорошо изучена лишь часть редких генетических вариантов, обнаруживаемых у людей.

Это исследование показывает, что просмотр результатов в электронных медицинских картах может помочь решить, может ли вариант быть связан с заболеванием.«Оценка фенотипического риска может быть легко применена в любой системе электронных медицинских карт, связанной с ДНК», — сказал Бастараче. «В нашей работе был изучен только небольшой образец генома человека, около 6000 вариантов. Возможность для дополнительных открытий с использованием этого метода огромна».Исследование объединяет усилия 27 авторов: Лизы Бастарач, Джейка Хьюги, Джой Марло, Сара Ван Дрист, Трейси МакГрегор, Джонатана Мосли, Куинн Уэллс, Майкл Темпл, Андреа Рамирес, Роберт Кэрролл, Трэвис Остерман, Тодд Эдвардс, Дуг Рудерфер, Динья Эдвардс. , Ризван Хамин, Джой Коган, Эндрю Глейзер, Вей-Ци Вэй, Ципин Фэн, Нэнси Кокс, Дэн Роден и Джош Денни, работающие в VUMC; Скотт Хеббринг и Мюррей Бриллиант из клиники Маршфилд; и Ванке Чжао, Вантинг Хо и Чжичжуан Чжао из Университета Оклахомы.

Работа поддержана грантами Национальных институтов здравоохранения (LM010685, LM011939, LM007359, HG004603, HG006378, HG008672, HG008341, RR024975, TR000445, GM114128, GM115305, GM1208623, HL00905).


Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *