Acinetobacter baumannii — патоген с множественной лекарственной устойчивостью, обнаруженный в больницах по всему миру и представляющий серьезную угрозу для жертв в войнах в Ираке и Афганистане. Он поражает тяжело больных пациентов, особенно пациентов с травмами и ожогами, часто приводя к пневмонии и инфекциям кровотока.
Инфекции, связанные со здравоохранением (HAI), по оценкам, обходятся Великобритании в 1 миллиард фунтов стерлингов в год, и в любой момент времени каждый 15-й пациент будет иметь HAI.Полное секвенирование генома, при котором последовательность всей ДНК организма, считается многообещающим новым дополнением к набору инструментов для борьбы с HAI.
Обычные методы часто применяются ретроспективно и дают ограниченную информацию о ДНК патогена, что затрудняет сравнение того, являются ли пациенты носителями одних и тех же бактерий, и отслеживание передачи вспышек.В этой статье исследователи из Университета Бирмингема, Университета Уорика и Национального института исследований в области здравоохранения, Центра хирургической реконструкции и микробиологии, сообщают, как полное секвенирование генома было использовано для борьбы со вспышкой A. baumannii в больнице Королевы Елизаветы в Бирмингеме в г. 2011. Вспышка началась после поступления военного пациента из Афганистана с ранениями в результате взрыва и продолжалась 80 недель, что сделало ее одной из самых продолжительных вспышек, когда-либо описанных для этого патогена.
Пациент был носителем нового штамма бактерии, ранее не наблюдавшегося в больницах региона. После первого использования традиционных методов, чтобы попытаться сдержать патоген, исследователи решили перейти к полному секвенированию генома в середине вспышки.Отобрав пациентов и окружающую среду, исследователи смогли идентифицировать 74 пациента, принадлежащих к вспышке. Затем они определили подробный генетический состав бактерий, переносимых каждым из этих пациентов, и использовали эти данные с информацией о палате, в которой были размещены пациенты, и дате их первых положительных тестов, чтобы идентифицировать почти 70 возможных случаев передачи.
Вооружившись этой подробной информацией, исследователи смогли определить горячие точки передачи инфекции в больнице, в которую входили операционная и специальная кровать для ожоговых пациентов.Была проведена глубокая очистка этих мест передачи инфекции, и в больнице были введены в действие новые протоколы дезактивации.
В мае 2013 г. вспышка была объявлена ??закрытой. Ведущий автор исследования Марк Паллен из Уорикского университета сказал: «Мы продемонстрировали, как можно применить секвенирование всего генома в клинически полезные временные рамки для отслеживания и контроля распространения лекарственно-устойчивых патогенов в больницах. В данном случае это помог понять и контролировать, вероятно, самую продолжительную вспышку A. baumannii, когда-либо наблюдавшуюся в этой стране ».