Международная группа исследователей составила подробную картину последних стадий вспышки в Сьерра-Леоне, используя секвенирование геномов вируса Эбола в реальном времени, проведенное во временной лаборатории в стране.Хотя исследование не показало, что нетрадиционная передача была более распространенной, чем считалось ранее, авторы описывают несколько случаев, в том числе мать, которая могла заразить Эболу своему ребенку через грудное вскармливание, и пережившую Эболу, которая передала вирус половым путем через месяц после освобождения. из карантина. [Подробнее о делах в примечаниях к редакции].Исследование, опубликованное в журнале Virus Evolution, предполагает, что быстрое секвенирование вирусных геномов в разгар эпидемии может сыграть жизненно важную роль в сдерживании будущих вспышек, позволяя работникам общественного здравоохранения быстро отслеживать новые случаи до их источника.Сьерра-Леоне наиболее сильно пострадала из трех западноафриканских стран, наиболее пострадавших от эпидемии лихорадки Эбола, где на сегодняшний день зарегистрировано 14 124 случая заболевания и 3956 смертей.
Без эффективных вакцин или средств лечения инфекции установление контроля над эпидемией в значительной степени зависело от таких мер общественного здравоохранения, как быстрое выявление и изоляция больных Эболой, отслеживание контактов и карантин, а также поощрение безопасных методов захоронения.К середине 2015 года число случаев заболевания в трех наиболее пострадавших странах снизилось, но единичные случаи заболевания продолжали появляться, даже несмотря на то, что все известные цепочки передачи считались ликвидированными.
Исследователи под руководством Кембриджского университета и Института Сэнгера Wellcome Trust начали расследование этих случаев во временном центре секвенирования генома, созданном профессором Яном Гудфеллоу. Расположенный в палатке в Центре лечения Эболы в Макени, Сьерра-Леоне, учреждение обеспечивало возможность секвенирования внутри страны для обработки образцов от пациентов в Макени и прилегающих районах в режиме реального времени без необходимости отправки образцов из страны.Команда сгенерировала 554 полных последовательности генома вируса Эбола из образцов крови, буккальных мазков, спермы и грудного молока, собранных в период с декабря 2014 года по сентябрь 2015 года в центрах изоляции и лечения Эболы на севере и западе страны.
Они были объединены с 1019 образцами, секвенированными другими группами, чтобы создать картину вирусных вариантов, присутствующих в Сьерра-Леоне.Они обнаружили, что в течение 2015 года в Сьерра-Леоне циркулировало как минимум девять различных линий вируса, восемь из которых произошли от одного варианта, который привел к вирусу Эбола в стране в июне 2014 года.
Остальные вирусы произошли от отдельной, географически отличной линии, которая возникла в Гвинее.Начиная с середины 2015 года в учреждении были быстро секвенированы пробы из всех новых случаев заболевания в Сьерра-Леоне.
Эти данные в сочетании с растущим набором справочных данных помогли полевым работникам определить источник инфекции для некоторых из последних случаев заболевания Эболой в Сьерра-Леоне. Эта работа показала, что некоторые случаи были переданы через нетрадиционные цепи передачи, и подтверждает растущее количество доказательств того, что вирус Эбола может быть обнаружен в жидкостях, таких как сперма или грудное молоко, и может сохраняться после стандартных периодов карантина.Старший автор профессор Ян Гудфеллоу из Кембриджского университета сказал: «В начальный период эпидемии Эболы несколько групп занимались секвенированием образцов, но задержки, вызванные отправкой образцов из Западной Африки, затруднили использование данных о последовательности для расследование новых цепочек передачи.
Часто к моменту публикации данных образцам было шесть месяцев. Чтобы иметь возможность быстро определить источник новых случаев, нам необходимо упорядочить образцы и публиковать данные в режиме реального времени, обмениваться образцами и обмениваться данными по мере его производства ".
Доктор Мэтью Коттен, старший автор из Wellcome Trust Sanger Institute, добавил: «Во время эпидемии объединение последовательностей генома нашего вируса Эбола с данными других групп позволило понять, как развивается вирус, и послужило важным справочным материалом для отслеживания источника заражения. новые случаи. По мере развития вспышки наши данные также показывают, что карантин, пограничный контроль и методы проверки были эффективными, поскольку перемещение вируса внутри и между странами прекратилось ».Созданный командой центр секвенирования теперь перемещен в Университет Макени, где он является центром новой исследовательской лаборатории инфекционных заболеваний UniMak.
Центр предоставляет обучение на высшем уровне для местных студентов и ученых, что оказалось критически важным для определения последовательности недавних новых случаев Эболы, когда на нем не было международного персонала.Доктор Джереми Фаррар, директор Wellcome Trust, сказал: «Тесный контакт с инфицированным человеком по-прежнему является наиболее распространенным способом распространения Эболы, но это исследование подтверждает предыдущие исследования, предполагающие, что вирус может сохраняться в жидкостях организма в течение длительного времени. время после выздоровления. Эти необычные способы передачи могли способствовать единичным вспышкам инфекций ближе к концу эпидемии.
"Успех этого новаторского проекта показывает, насколько важно проводить секвенирование генома в затронутых странах, а также для быстрого и открытого обмена данными в рамках мер реагирования на эпидемию. Укрепление лабораторий и объектов эпиднадзора там, где они есть Отсутствие в настоящее время также поможет раннему выявлению, что сделает мир лучше подготовленным к вспышкам инфекционных заболеваний ".