Секвенирование нового поколения произвело революцию в функциональной геномике, при этом такие протоколы, как RNA-seq, ChIP-seq и CAGE, широко используются во всем мире. Сила этих методов заключается в том, что они позволяют обнаруживать транскрипты и сайты связывания факторов транскрипции в масштабе всего генома, что является ключом к пониманию молекулярных механизмов, лежащих в основе функции клеток у здоровых и больных людей и развития таких заболеваний, как рак. Интеграция данных из нескольких экспериментов является важным аспектом интерпретации результатов, однако растущее количество генерируемых наборов данных делает тщательное сравнение и анализ результатов обременительным.
В отчете, опубликованном сегодня в журнале Nature Biotechnology, Джессика Северин и его коллеги описывают разработку ZENBU, инструмента, который объединяет браузер генома с анализом данных и связанным представлением выражений, чтобы облегчить интерактивную визуализацию и сравнение результатов большого количества наборы данных секвенирования нового поколения.
Ключевое различие между ZENBU и предыдущими инструментами заключается в возможности динамически комбинировать тысячи экспериментальных наборов данных в интерактивной среде визуализации с помощью связанных изображений местоположения генома и сигналов экспрессии. Это позволяет ученым сравнивать свои собственные эксперименты с более чем 6000 наборами данных консорциума ENCODE и FANTOM, которые в настоящее время загружены в систему, что позволяет им открывать новые и интересные биологические механизмы. Инструмент предназначен для интеграции миллионов экспериментов / наборов данных любого типа (RNA-seq, ChIP-seq или CAGE), отсюда и его название: zenbu означает «все» или «все» на японском языке.
ZENBU находится в свободном доступе для использования в Интернете и для установки в отдельных лабораториях, и все сайты ZENBU подключены и постоянно обмениваются данными.
Инструмент доступен или загружен с http: // fantom.gsc.Рикен.jp / zenbu /.
«Распространяя данные и серверы, мы поощряем ученых загружать и делиться своими опубликованными данными, чтобы помочь создать всеобъемлющий ресурс для дальнейшего продвижения исследовательских усилий и сотрудничества по всему миру», — объясняют авторы.