Секвенирование ChIP — понимание рабочего процесса клеток человекаПрограммное обеспечение EaSeq было разработано для анализа так называемого ChIP-секвенирования.
Секвенирование ДНК используется для картирования последовательности пар оснований, из которых состоит наша ДНК, а секвенирование ChIP — это производный метод, в котором последовательности используются для определения присутствия различных клеточных компонентов в геноме в данный момент времени.Грубо говоря, секвенирование ChIP можно сравнить с микроскопом, который позволяет нам наблюдать присутствие различных клеточных компонентов во всем геноме в определенный момент времени.
По словам доцента Мадса Лердрупа, этот метод еще довольно молод и имеет потенциал для применения во многих других научных областях, которые могут извлечь выгоду из понимания того, как здоровые и патологические клетки контролируют и используют гены.Лучшие аналитические инструменты означают более широкий спектр приложенийХотя секвенирование ChIP позволило очень быстро получить огромные объемы данных, анализ этих данных до сих пор был утомительным процессом. Большая часть используемого аналитического программного обеспечения требует знания компьютерного программирования, и поэтому исследователи полагались на специалистов, чтобы декодировать и анализировать свои данные.
EaSeq предлагает гораздо более наглядную и интуитивно понятную альтернативу, которая позволяет биомедицинским исследователям изучать и проверять гипотезы, используя свои собственные данные. Это означает, что вместо того, чтобы неделями ждать, пока другие проведут анализ, исследователи смогут провести анализ самостоятельно за считанные часы.Сегодня секвенирование ДНК набирает обороты в клинической области, где, например, используется для диагностики и нацеливания лечения в области рака. Разработчики EaSeq видят аналогичные перспективы для секвенирования ChIP в клинической работе, и в этом контексте решающее значение будут иметь сильные аналитические инструменты.
«Последовательность ДНК сама по себе очень мало говорит нам о том, как клетки на самом деле декодируют ДНК, и чтобы понять это, нам нужно определить, какие клеточные компоненты присутствуют в разных частях генома в определенное время. Мы надеемся, что, увеличивая выполнимость может позволить исследователям быстрее раскрыть такие знания и применить их в клинической практике », — говорит доцент Мадс Лердруп.