В то время как туберкулез снизился в США и других развитых странах, инфекционные легочные бактерии остаются серьезной угрозой общественному здоровью во всех развивающихся странах, по оценкам, заражая треть населения мира. Угроза туберкулеза в некоторых местах возрастает по мере того, как мутантные версии болезни становятся все более и более устойчивыми к современным лекарственным препаратам.
«Мы считаем, что новые технологии целевого секвенирования могут помочь врачам в предоставлении персонализированной помощи пациентам с лекарственно-устойчивым туберкулезом», — сказал д-р Дэвид Энгельталер, содиректор отдела геномики патогенов TGen и старший автор обоих исследований. «Лекарственная устойчивость возникает, когда неправильные антибиотики назначаются в неподходящее время. Этот новый подход разработан, чтобы не только помочь врачам лучше лечить пациентов, но и помочь замедлить или остановить глобальную угрозу туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью».
В одном из исследований TGen-UCSF «Скрытая микрогетерорезистентность, объясняющая фенотипическую резистентность M. tuberculosis», опубликованном 14 июня в Американском журнале респираторной и интенсивной терапии, делается вывод о том, что использование «целевого подхода секвенирования следующего поколения (NGS)». . резко снижает ошибку секвенирования ». Такая ошибка, присущая системам секвенирования ДНК, в противном случае помешала бы обнаруживать очень маленькие, скрытые популяции устойчивых к лекарствам бактерий, растущих в легких.В обоих исследованиях команда TGen-UCSF использовала технологию Single Mole-Overlapping Reads (SMOR), изобретенную в TGen, которая точно определяет варианты туберкулеза даже в тех случаях, когда более старая технология, известная как секвенирование по Сэнгеру, не обнаружила лекарств. устойчивые мутации.
Разрабатывается версия этого теста SMOR, которую можно было бы легко развернуть в слаборазвитых областях, где это может быть больше всего необходимо.«Удобная для пользователя версия нашего анализа на основе набора в настоящее время разрабатывается для использования с новыми настольными секвенсорами ДНК для быстрого тестирования лекарственной чувствительности в условиях ограниченных ресурсов», — сказал д-р Энгельталер. «Кажется нелогичным разрабатывать передовые геномные решения проблем в нашем слаборазвитом мире, но мы адаптируем эту технологию способами, которые могут быть доступны любому и практически в любом месте».Выявление быстро мутирующих, устойчивых к лекарственным средствам штаммов туберкулеза является серьезнейшей проблемой для искоренения этого заболевания, от которого в 2015 году заразилось 10,4 миллиона человек и погибло 1,8 миллиона человек по всему миру, по данным Центров по контролю за заболеваниями США и Всемирной организации здравоохранения — почти 5000 смертей в день по всему миру.«Несмотря на наше глобальное общество, многим из нас трудно представить себе места, где инфекция, полностью излечимая с помощью антибиотиков, разработанных несколько десятилетий назад, может убить больше людей в расцвете сил, чем рак.
К сожалению, из-за того, что системы здравоохранения за рубежом ослаблены из-за пренебрежения и хроническое недофинансирование, высокорезистентный туберкулез становится «новым нормальным» туберкулезом. Учитывая, что мы являемся и всегда были страной «плавильного котла» и маяком надежды для многих, мы обязательно увидим эти случаи в Соединенных Штатах », — сказал Доктор Джон Меткалф, специалист по лечению легких и доцент Медицинской школы UCSF, а также ведущий автор обоих исследований TGen-UCSF.
Второе исследование TGen-UCSF — субкультура Mycobacterium tuberculosis приводит к потере потенциально клинически значимой гетерорезистентности — опубликованное 11 сентября в журнале Antimicrobial Agents and Chemotherapy, также использовало «сверхглубокое» секвенирование SMOR следующего поколения для изучения потенциально лекарственной устойчивости. варианты туберкулеза.«Этот отчет дополнительно документирует ранее недостаточно описанную природу стремления организма M. tuberculosis к мутации и становлению устойчивости к нашим антибиотикам, — сказал д-р Меткалф, — и дополнительно подчеркивает необходимость дополнительных исследований эффектов этого явления. как по клинической диагностике, так и по результатам лечения пациентов ».