Профессор Цуёси Миякава из Университета здравоохранения Фудзита и доцент Кейзо Такао из Национального института физиологических наук Японии применили более подходящие и более чувствительные методы для обнаружения сходства паттернов экспрессии генов, чем тот, который применялся в исходной статье PNAS, для повторного анализа те же наборы данных, которые использовались в Seok et al. Профессор Миякава сказал: «Один из авторов Сеока и др. Заявил в интервью газете« Нью-Йорк Таймс », что, когда статья была отклонена журналом Nature and Science, они получили комментарии типа« Это должно быть неправильно ». У меня было то же самое. впечатление, как рецензенты ". Доктора Затем Миякава и Такао повторно проанализировали данные, использованные в Seok et al. paper, и обнаружил неадекватные методы в исходных анализах, что привело их к выводу, полностью противоположному выводу Seok et al.Seok et al. сравнивали уровни экспрессии генов, которые были изменены при конкретном заболевании человека, между людьми и мышами, независимо от того, были ли гены изменены у мышей.
Сравнение геномного ответа между людьми и мышами, включая гены, измененные у одного вида, но не у другого, скрывает корреляцию между гомологичными генами человека и мышей почти до нуля, как продемонстрировали Seok et al.В Seok et al., Сравнение паттернов экспрессии генов между ожогами человека и моделями ожогов, травм, сепсиса и инфекций на мышах выявило коэффициент корреляции Пирсона (R), который варьировался от 0,14 до 0,28, и процент генов, экспрессия которых изменилась. в том же направлении — от 55% до 61%, что указывает на отсутствие корреляции.
В настоящем отчете, основанном на тех же наборах данных, которые использовались в Seok et al., Значения R варьировались от 0,36 до 0,59, и от 77% до 93% генов изменились в одних и тех же направлениях между моделью болезни человека и моделью мыши. Кроме того, в настоящей статье авторы провели более сложный непредвзятый статистический анализ сходства между наборами генов человека и мышей, используя инструмент биоинформатики NextBio.
Непараметрический анализ ранжирования с использованием NextBio продемонстрировал, что характер изменений экспрессии генов в моделях мышей был очень похож на таковой в условиях ожога человека с чрезвычайно высокой достоверностью (перекрывающееся значение p = 1,2 x 10-35 — 6,5 x 10-11 ).Многие молекулярные пути обычно не регулируются в моделях заболеваний человека и мышей.
Однако многие пути обычно не затрагиваются в моделях болезней человека и мышей. Сосредоточение внимания на общих чертах между заболеваниями человека и моделями мышей позволит нам получить полезную информацию для изучения патофизиологии и патогенеза заболеваний человека, а также для разработки методов лечения.