«В попытках раскрыть разнообразие форм нейронов масштаб делается громадной и все более актуальной проблемой», — говорит Ханьчуань Пэн, доктор философии, младший исследователь из Университета изучений мозга Аллена. «Нам нужно иметь возможность сравнивать десятки тысяч форм нейронов, чтобы в самом деле понять, как они выглядят, и использовать эти данные для анализа отдельных типов клеток».Пэн и его команда создали UltraTracer для работы с существующими способами трассировки нейронов, созданными учеными всего мира, с ускорением их работы с громадными наборами данных.
В статье они обрисовывают применение UltraTracer к десяти различным базовым трассировщикам, и к любым вторым базовым трассировщикам в рамках инициативы BigNeuron (bigneuron.org), созданной разными людьми и использующей различные методы для автоматического определения формы нейронов в трехмерном пространстве. стеки изображений.Команда смогла продемонстрировать неповторимую свойство UltraTracer расширять существующее ПО.
Используя базу данных типов клеток Аллена в качестве биологической ссылки, программа вначале узнала, как нейроны «должны» смотреться. Затем UltraTracer сделал существующие способы более действенными для обработки огромных наборов данных и органично объединил пара различных способов, максимально используя сильные стороны каждого средства отслеживания.«При помощи UltraTracer мы даем новую судьбу уже существующим способам трассировки нейронов и делаем их еще более превосходными», — говорит Пэн. «на данный момент мы можем проверить, как замечательно эти способы трудятся в громадных масштабах, и улучшить их работу.
Это будет решающим шагом в ответе фундаментальных вопросов о типах клеток в мозге».