Междисциплинарная команда Патрика Мюллера из лаборатории Фридриха Мишера Общества Макса Планка в Тюбингене, Германия, по-новому взглянуть на подобный опыт. В издании Nature Communications они обращают внимание на ограничения уже существующих инструментов анализа для тестов FRAP — и предлагают эластичную и верную альтернативу: их ПО с открытым доступом «PyFRAP».
В анализах FRAP измеряется время, необходимое флуоресцентным молекулам для восполнения обесцвеченной области, в основном это оценка того, как не так долго осталось ждать тёмная область примера снова делается яркой. Но оценка забранных изображений под микроскопом совсем не тривиальна: перемещение молекул зависит, среди другого, от формы окружающей среды. Если сложная структура аппроксимирована чрезмерно упрощенной геометрией для облегчения анализа, расчетные коэффициенты диффузии смогут быть далеки от фактических значений.
PyFRAP трудится без таких упрощенных предположений и вместо этого принимает во внимание более реалистичные трехмерные структуры. Затем программа численно моделирует опыт и использует хорошие способы для согласования моделирования с измеренными данными.Доктор Александр Блайл, ведущий создатель статьи, и его сотрудники узнали множество потенциальных проблем с текущими методами анализа FRAP и обратились к ним в течении разработки PyFRAP.
Эта тщательность окупилась: в случае если сравнивать с другими программами PyFRAP снабжает особенно качественные результаты, в особенности в сложных условиях. А его эластичные начальные условия также разрешают оценивать эти iFRAP (iFRAP: обратный FRAP), достаточно новую альтернативу FRAP, которая менее страшна для хрупких образцов.С происхождением более верного метода анализа на данный момент смогут показаться новые приложения для анализов FRAP или iFRAP. Авторы отмечают, что их ПО может оказать помощь изучить сотрудничества между молекулами в живых организмах: к примеру, оно может оказать помощь узнать, замедляются ли молекулы из-за сотрудничества с (возможно, пока не отысканными) партнерами по связыванию.
PyFRAP может стать новой стандартной программой анализа в фундаментальных изучениях. В любом случае, это уже имеется впечатляющим примером преимуществ постоянного оспаривания установленных стратегий и неудовлетворённости несложными, но менее верными ответами.ПО: Программу PyFRAP вероятно бесплатно загрузить по следующим ссылкам:http://www.fml.tuebingen.mpg.de/mueller-group/software.htmlhttps://mueller-lab.github.io/PyFRAP/