«Вы не можете представить себе запутанную паутину данных, описывающих причинно-следственные связи микроРНК и генов. Эта база данных multiMiR позволит исследователям эффективно искать пары, относящиеся к изучаемым ими заболеваниям», — говорит Катерина Кечрис, доктор философии. адъюнкт-профессор биостатистики и информатики Университета Колорадо в Денвере и один из старших авторов исследования.Помимо помощи исследователям в поиске взаимосвязей между микроРНК и их генетическими мишенями, база данных включает лекарства, которые, как известно, влияют на эти микроРНК, а также перечисляет заболевания, связанные с микроРНК.
«Прямо сейчас в этой базе данных исследователи могут найти ключи к потенциальным новым способам лечения различных заболеваний, включая рак», — говорит Дэн Теодореску, доктор медицинских наук, профессор хирургии и фармакологии Медицинской школы CU, директор онкологического университета Колорадо. Center и одним из старших авторов исследования.
Проект включает около 50 миллионов записей, представляющих комбинацию 14 ранее существовавших репозиториев данных микроРНК. База данных multiMiR также содержит ссылки на результаты предыдущих исследований, относящихся к этим микроРНК. multiMiR объединяет эту функциональность с ведущим статистическим программным обеспечением с открытым исходным кодом R, что обеспечивает повышенную гибкость анализа и доступность для аналитиков данных повсюду.По сути, исследователи могут вводить названия микроРНК, генов, лекарств, заболеваний или любую их комбинацию. Затем исследователь может запросить в базе данных подтвержденные или предсказанные генетические мишени микроРНК или подтвержденные / предсказанные микроРНК, которые регулируют определенные гены.
То же самое верно и для болезней и лекарств — инструменты информатики показывают, какие заболевания связаны с микроРНК и какие (если есть) лекарства были связаны с конкретной запрашиваемой miRNA.Тематические исследования, описанные в статье, показывают, как микроРНК могут влиять на добровольное употребление алкоголя у мышей, гены-кандидаты в сигнальных путях, связанных с хронической обструктивной болезнью легких, и взаимодействия микроРНК: генов, которые влияют на рак мочевого пузыря.
«Нам нужны данные, а затем нам нужны умные способы их просмотра, иначе мы утонем в огромном количестве информации», — говорит Теодореску. «Этот новый инструмент позволит нам задавать новые вопросы по большему количеству данных с большей точностью и получать более точные и содержательные результаты, которые в конечном итоге помогут разработать новые подходы к лечению пациентов».