Ученые из Института иммунологии Медицинского центра Университета Йоханнеса Гутенберга в Майнце (JGU) значительно улучшили этот аналитический метод, который широко используется в их области. Они также разработали программное обеспечение для интегрированного анализа данных измерений под названием ISOQuant.
Их оптимизированный рабочий процесс масс-спектрометрии позволяет идентифицировать и количественно определять значительно больше белков, чем раньше. Разработка этого усовершенствованного метода измерения и специально разработанного программного обеспечения описана в статье, недавно опубликованной в журнале Nature Methods.Протеом представляет собой весь набор белков, экспрессируемых клеткой. Таким образом, анализ протеомов позволяет получить полную картину белков и пептидов, присутствующих в клетках или жидкостях организма.
Однако многие из традиционных масс-спектрометрических методов, используемых до сих пор для протеомного анализа, относительно медленны и не всегда обеспечивают воспроизводимые результаты. Доктор Стефан Тенцер из Института иммунологии и его коллеги усовершенствовали относительно новый, независимый от данных метод, который обеспечивает очень точный и воспроизводимый количественный анализ. С его помощью можно идентифицировать гораздо больше белков, чем раньше. «Образно говоря, оборудование, которое мы используем, столь же точно, как шкала, которая может определить, присутствует ли монета в два евро в VW Beetle или нет», — объясняет Тензер.Рабочая группа Тензера сосредоточена, в частности, на разработке новых методов количественного протеомного анализа с помощью так называемой масс-спектрометрии ионной подвижности.
Этот метод позволяет не только измерить массу молекулы, но и определить ее поперечное сечение. Этот дополнительный аналитический параметр делает метод оптимальным для всестороннего исследования очень сложных образцов. Тензеру и его коллегам также удалось усовершенствовать методику, известную как количественная оценка без этикеток.
Это избавляет от необходимости маркировать образцы в лаборатории перед анализом, что в остальном было бы сложной процедурой. «Теперь мы можем напрямую анализировать образцы пациентов и конкретные иммунные клетки без предварительной дорогостоящей подготовки», — говорит Тензер. Ученые из Майнца специально разработали свою программу ISOQuant для этой цели.
Это обеспечивает стандартизованный анализ сложного материала данных и в целом упрощает методику количественного масс-спектрометрического анализа.Эти революционные инновации были разработаны под эгидой технологических платформ «Количественный протеомный анализ» Исследовательского центра иммунологии JGU (FZI) и «ProTIC» Исследовательского подразделения трансляционных нейронаук (FTN) Медицинского центра Университета Майнца.
Теперь они были опубликованы в Nature Methods. Это уже третья статья, опубликованная в группе журнала Nature в 2013 году доктором Стефаном Тензером и его коллегами.«Годы работы в рамках технологической платформы окупились с точки зрения качественного скачка вперед в отношении улучшения техники масс-спектрометрии протеомного анализа», — заявил профессор Хансйорг Шильд, директор Института иммунологии и координатор исследований. Центр иммунологии (FZI) при Медицинском центре Университета Майнца. «Результаты, полученные доктором Стефаном Тензером и его коллегами, отражают качество достижений этой команды.
Я думаю, что мы можем надеяться на новое и захватывающее сотрудничество в будущем», — сказал Шильд.«Масс-спектрометрия — это метод, который теперь стал незаменимым в области нейробиологии.
В этой области нам особенно нужны высокочувствительные аналитические методы, и доктор Тензер открыл новые перспективы в этом отношении», — подчеркнул профессор Роберт Нитш, координатор Исследовательский отдел трансляционных нейронаук и Центр совместных исследований 1080 по «Молекулярным и клеточным механизмам нейронального гомеостаза» в Медицинском центре Университета Майнца. «Сотрудничество между Исследовательским центром иммунологии и исследовательским отделом трансляционных нейронаук в области масс-спектрометрии представляет для нас прекрасную возможность получить новое понимание того, как функционирует мозг», — заявил Нитч.